Bölüm 1
/Geri Dönüş
Yayın Tarihi: 02 Kasım 1997
Mulder Scully'nin kanseri için bir tedavi ararken onun kanserinin kökeni hakkında çarpıcı bir keşfe sahip gizli bir araştırma tesisine girer.
Bölüm 2
/Geri Dönüş II
Yayın Tarihi: 09 Kasım 1997
Partneri hastanede komada yatarken Mulder sigara içen adamdan Scully'nin yaşaması için çok kritik öneme sahip bir bilgi edinir.
Bölüm 3
/Sıra Dışı Şüpheliler
Yayın Tarihi: 16 Kasım 1997
Geçmişe baktığımızda Lone Gunmen Mulder'la buluşup Amerikan halkını hedef alan gizli bir hükümet deneyini durdurmak için kuvvetlere katılır.
Bölüm 4
/Yoldan Sapma
Yayın Tarihi: 23 Kasım 1997
Mulder ve Scully bir gencin görünmez bir yaratık tarafından saldırıya uğradığı iddiasını araştırırken eski ölümcül bir lejyon tarafından takip edilirler.
Bölüm 5
/Postmodern Prometheus
Yayın Tarihi: 30 Kasım 1997
Ajanlar şehirden uzak bir kasabada acayip bir yaratığın görülmesini araştırırken tamamen kontrolden çıkmış genetik bir deneyi gün yüzüne çıkarırlar.
Bölüm 6
/Noel İlahisi
Yayın Tarihi: 07 Aralık 1997
Scully gizemli bir telefondan sonra bir kadının intiharını ve vefat etmiş kardeşi Melissa'nın kızı olabilecek genç bir bayanı araştırmaya başlar.
Bölüm 7
/Emily
Yayın Tarihi: 14 Aralık 1997
Emily Sim adındaki bir kız çocuğunun kötü niyetli bir anlaşma sonucunda meydana gelme ihtimali olan rahatsız edici hastalığını araştırmak için Scully onu evlat edinme girişiminde bulunur.
Bölüm 8
/Tilki Avı
Yayın Tarihi: 04 Ocak 1998
Mulder ve Scully güçlü zihin kontrol yetenekleriyle Mulder'ı istemeden sıradaki kurbanı olarak görebilecek çılgın bir suçluyu avlarlar.
Bölüm 9
/Şizojeni
Yayın Tarihi: 11 Ocak 1998
Gizemli ağaçlar ajanların çözmeye çalıştığı, ard arda gelen ve açıklanamayan ölümlerin birincil şüphelisi olurlar.
Bölüm 10
/Chinga
Yayın Tarihi: 08 Şubat 1998
Garip bir ölümün etrafında dolaşan büyücülük ve sihir dedikoduları Scully'i varlığı ölüm kokan küçük bir kıza ve lanetli bir oyuncak bebeğe götürür.
Bölüm 11
/Kapama Anahtarı
Yayın Tarihi: 15 Şubat 1998
İnternetin diğer mucidi vahşice öldürüldükten sonra Mulder ve Scully suçlunun kendine ait zihni olan bir bilgisayar programı olabileceğinden şüphelenmeye başlar.
Bölüm 12
/Kötü Kan
Yayın Tarihi: 22 Şubat 1998
Sürekli olarak kanı azalarak öldürülen bir sığırı araştırırken ajanlar Texas'taki küçük bir kasabada bulunan bir vampir tarikatını açığa çıkarır.
Bölüm 13
/Hasta X
Yayın Tarihi: 01 Mart 1998
Bir grup uzaylı yüzleri olmayan saldırganlar tarafından kaçırılıp diri diri gömüldükten sonra ajanlar olayın sömürgeleştirilen uzaylılarla alakalı olduğunu açığa çıkarır.
Bölüm 14
/Kırmızı ve Siyah
Yayın Tarihi: 08 Mart 1998
Mulder ve Scully dünyada kurulması planlanan uzaylı sömürge grubu hakkında daha fazla kanıt keşfeder ve insalığın özgürlüğü için son çözüm yolunu korumaya çalışırlar.
Bölüm 15
/Yolcular
Yayın Tarihi: 29 Mart 1998
Kurbanların organlarının çıkarıldığı çözülemeyen ölümleri araştırırken Mulder babasının izine ulaşabileceği bir tür değiştirme deneyini açığa çıkarır.
Bölüm 16
/Zihin Gözü
Yayın Tarihi: 19 Nisan 1998
Bir cinayette birincil şüpheli konumunda olan doğuştan kör bir kadın Mulder ve Scully'i kadının katillerin gözünden görebilme yeteneği olabileceği sonucuna götürür.
Bölüm 17
/Tüm Ruhlar
Yayın Tarihi: 26 Nisan 1998
Gözleri yuvalarına kadar yanan bir kızın ölümü ruhların tekrar diriltilmesi için iyi ve kötü hakkında bir kehaneti açığa çıkarır.
Bölüm 18
/Pine Bluff Değişkeni
Yayın Tarihi: 03 Mayıs 1998
Mulder iç savaş isteyen bir terör örgütünün içine gizli bir şekilde sızmaya çalışırken Scully bunun bir intihar görevi olduğunu farkeder.
Bölüm 19
/İkili Çılgınlık
Yayın Tarihi: 10 Mayıs 1998
Mulder patronunun gerçek bir canavar olduğunu iddia eden çalışanı sorgularken kendisi de gizli bir varlığı algılamaya başlar.
Bölüm 20
/Son
Yayın Tarihi: 17 Mayıs 1998
Mulder ve Scully hayatı tehlikede olan ve yeteneği sayesinde X-Files'taki tüm açıklanamayan olayları çözen 12 yaşındaki bir falcı kızı keşfeder.